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国家创新体系的主要功能有克服市场失灵、防范政府失灵和缓解系统性失灵。①克服市场失灵。构建国家创新体系既可以发挥市场机制在竞争性领域的驱动作用，又可以克服在非竞争性领域的市场失灵问题。国家创新体系有效保持了创新中的竞争与合作的有机统一。②防范政府失灵。政府失灵，指政府在配置经济资源的过程中，由于政府的创新政策可能导致其他市场主体经济动机发生扭曲，从而产生的比市场配置资源更为恶化的结果。国家创新体系把政府、大学、研究机构和企业结合在一起，成为一个有机整体，同时，创新成为分工基础上的彼此合作和相互协调的行为。③缓解系统性失灵。国家创新体系本身是一个强调系统化的社会工程，它在维护市场机制的同时，也主张发挥政府的主导作用；它强调企业是创新的主体，但同时也重视大学和研究机构在创新中的重要作用。
